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Hace unos quince millones de años, a mediados del Mioceno, el nivel del mar Mediterráneo se elevó bruscamente, y el Promontorio de Gargano y sus alrededores se convirtieron en una isla o un grupo de islas en el Adriático. El Promontorio de Gargano es el cabo montañoso que forma el espolón de la bota de Italia. El clima en la rocosa isla de Gargano era semiárido, con vegetación herbácea o arbustiva, salpicada de pequeños árboles. Como en muchas islas, en el pasado y en el presente, vivía en Gargano una fauna muy particular, distinta de la del continente.
Los pobladores más antiguos de la isla de Gargano no eran muy diferentes de sus parientes del continente. Había ratones, lirones, hámsters, musarañas y gimnuros. Los gimnuros, parientes de los erizos con aspecto de ratas grandes y peludas, sólo se encuentran hoy en día en las selvas del sudeste asiático, pero durante el Mioceno su área de distribución era más amplia, y abundaban en Europa. También había en Gargano palomas, vencejos, búhos, correlimos, pájaros carpinteros, ibis, patos y pequeñas rapaces, además de lagartos, serpientes, tortugas y cocodrilos, probablemente los últimos cocodrilos de Europa.
Con el paso del tiempo, todas las especies que viven también en el continente van a desaparecer de Gargano, salvo un ratón de campo que sobrevivió hasta el final. A la vez, las especies específicas de la isla fueron evolucionando, casi todas aumentando su tamaño hasta convertirse en verdaderos gigantes. Aunque no siempre fue tan simple; a veces, especies grandes y pequeñas convivían al mismo tiempo, y en otros casos, los linajes evolutivos se bifurcaban, y mientras unas especies crecían, otras evolucionaban adaptándose a los cambios en el entorno, pero sin aumentar de tamaño.
Muchos roedores endémicos de Gargano crecieron a lo largo del tiempo: El hámster gigante Hattomys alcanzó los sesenta centímetros de longitud, mientras que el lirón gigante Stertomys, con gruesos molares adaptados a una dieta dura y abrasiva, llegó a medir medio metro de largo. Los mayores especímenes del ratón excavador Mikrotia, por su parte, tenían un cráneo de diez centímetros de longitud.
En Gargano también abundaban las picas. Las picas son parientes de los conejos, con las patas y las orejas cortas, y carentes de cola, que viven en climas fríos de Eurasia y América del Norte. Hasta hace poco tiempo, existió alrededor del Mediterráneo una familia de picas gigantes; la última, la pica de Cerdeña, que medía hasta 25 centímetros de longitud, se extinguió en el siglo XVIII; los primeros pobladores de esa isla la consideraban una exquisitez. Las picas de Gargano pertenecen a dos especies, y una de ellas, Prolagus imperialis, es aún más grande que la pica de Cerdeña. Como el lirón gigante Stertomys, Prolagus imperialis tiene muelas muy gruesas y de estructura compleja, adaptadas a una dieta abrasiva.
Uno de los mamíferos más grandes de Gargano es el gimnuro gigante Deinogalerix. Había cinco especies. La más grande de las cinco tiene un cráneo de veinte centímetros de longitud, con el hocico largo y estrecho, incisivos fuertes y afilados y grandes premolares para triturar. La estructura de la mandíbula indica que es capaz de abrir la boca en un ángulo bastante grande y que la puede cerrar bruscamente y con fuerza. La longitud total de Deinogalerix supera los sesenta centímetros; era más grande que el mayor gimnuro viviente. Las patas de Deinogalerix son cortas y fuertes y la cola es larga y desnuda, como la de una rata. Probablemente es carroñero, o quizá un depredador especializado en la captura de peces y crustáceos, o de pequeños mamíferos, aves y reptiles. Las especies más pequeñas son insectívoras.
Como ocurre en muchas islas, los mamíferos depredadores escaseaban en Gargano. Además de Deinogalerix, sólo se han encontrado los restos fósiles, muy escasos, de una nutria costera, algo más grande que sus parientes del continente, y especializada en comer moluscos.
Los grandes depredadores de Gargano son aves. El águila Garganoaetus, emparentada con el águila calzada, tiene el tamaño de un águila real: un metro de longitud y dos de envergadura. También hay dos lechuzas, desdendientes de la lechuza gigante Tyto balearica, de tres kilos de peso y más de metro y medio de envergadura, que vivía en la península Ibérica, el sur de Francia, las Baleares, Córcega e Italia. Pero las dos lechuzas de Gargano, Tyto robusta y Tyto gigantea, se hicieron aún más grandes. La última, y también la más reciente, Tyto gigantea, de 75 centímetros de longitud, era mayor que un búho real, que puede llegar a medir 1,7 metros de envergadura. Como sigue ocurriendo hoy, el águila y las lechuzas se repartían las horas de actividad. El águila Garganoaetus caza durante el día; las lechuzas, que probablemente anidan en el suelo, o en grietas entre las rocas, lo hacen por la noche.
Algunas aves, como ocurre con frecuencia en las islas, ante la ausencia de depredadores terrestres, han perdido la capacidad de volar. Como Garganornis, un ganso de 15 a 20 kilos de peso y dos metros de longitud, más grande que un cisne.
Pero el habitante más espectacular de Gargano es un rumiante. Un rumiante que ha obligado a los paleontólogos a crear una familia para él solo, ya que no encaja en ninguna de las familias de rumiantes descritas hasta ahora. Ninguna de sus características es única por sí misma, pero su combinación sí lo es. Se trata de Hoplitomeryx, un animal con el hocico corto y grueso y con cinco cuernos en la cabeza: uno en la parte superior del hocico, entre los ojos, y dos pares más atrás, sobre las órbitas oculares. Los tres cuernos más internos son más largos y se curvan hacia atrás, mientras que el par más externo, curvado hacia delante, es más corto. Vista de frente, la cornamenta se despliega en abanico en forma de diadema o corona, que recuerda a la de la estatua de la libertad. Hoplitomeryx tiene además colmillos superiores prominentes, y dos orificios lacrimales en cada ojo. No es un buen corredor, probablemente tenía un modo de vida semejante al de las cabras. Por las diferencias de tamaño entre los restos fósiles encontrados, parece que había cuatro o cinco especies de Hoplitomeryx; dos de ellas eran muy pequeñas; las más grandes, del tamaño de un ciervo o un alce, aunque más esbeltas, tenían las patas muy largas. Hoplitomeryx era muy abundante, y probablemente era la presa principal de las grandes aves rapaces de la isla.
Sin embargo, los habitantes de Gargano no están tan aislados como puede parecer. Algunas aves migratorias visitan la isla con regularidad. Como Palaeortyx, una pequeña galliforme semejante a una codorniz, que cría en Gargano. Allí nacen los polluelos y allí permanecen, protegidos de los depredadores del continente, hasta que aprenden a volar.
Hace cinco millones y medio de años, a finales del Mioceno, el estrecho de Gibraltar se cerró, en lo que se conoce como la crisis salina del Mesiniense. Debido a la coincidencia de una elevación tectónica de la región del estrecho y un descenso global de entre 10 y 20 metros del nivel del mar, el Mediterráneo quedó aislado del océano Atlántico, y se convirtió en un lago. El aporte de agua de los ríos no podía compensar la evaporación, y se produjo la desecación casi completa del Mediterráneo. Las islas de Gargano quedaron unidas a la península Itálica, y fueron colonizadas por la fauna continental. Fue el fin de los animales de Gargano.
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