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Hace 5,59 millones de años, el estrecho de Gibraltar se cerró, en lo que se conoce como la crisis salina del Mesiniense. Debido a una elevación tectónica de la región, unida a un descenso global de entre 10 y 20 metros del nivel del mar, el Mediterráneo quedó aislado del océano Atlántico, y se convirtió en un lago. El aporte de agua de los ríos no pudo compensar la evaporación, y se produjo la desecación casi completa del Mediterráneo. Enormes cantidades de evaporitas (rocas salinas) se depositaron en el fondo, y, al faltar el peso del agua, la corteza terrestre se levantó isostáticamente entre decenas y centenares de metros. Además, los ríos como el Ródano y el Nilo excavaron en el antiguo fondo marino profundos cañones de cientos de metros de profundidad, cañones que han sido después colmatados por sedimentos. Probablemente el Mediterráneo no se secó por completo, y quedaron tres o cuatro lagos salados en las zonas más profundas.
Las condiciones climáticas en la cuenca mediterránea seca son desconocidas; una región situada a 4 kilómetros bajo el nivel del mar no tiene parangón hoy en día. Teóricamente, la temperatura a cuatro kilómetros bajo el nivel del mar debe de ser unos 40º C superior a la temperatura al nivel del mar, o sea, unos 80º C en verano. También las regiones sobre el nivel del mar debían sufrir un clima mucho más seco que hoy en día, al carecer de la humedad que hoy aporta el Mediterráneo.
Esta situación duró hasta hace 5,33 millones de años, cuando las aguas del Atlántico volvieron a inundar la cuenca del Mediterráneo, en lo que se llama la inundación zancleense.
Un equipo de científicos del Consejo Superior de Investigaciones Científicas español ha estudiado los datos sísmicos y de perforaciones submarinas de la región, y ha podido reconstruir las etapas de esa inundación: En un primer momento, una elevación del nivel del mar, un descenso tectónico de la zona del Estrecho o la erosión provocaron la apertura de un pequeño canal de desagüe que llevó el agua desde al Atlántico hasta la cuenca mediterránea. El agua, poco a poco, excavó un canal de doscientos kilómetros de longitud cuya profundidad fue aumentando progresivamente, quizá durante miles de años. Pero en una segunda fase, cuando el canal de desagüe alcanzó una profundidad crítica, se produjo una inundación catastrófica, con un caudal de cien millones de metros cúbicos por segundo (mil veces más que el Amazonas), que provocó una erosión en el canal de desagüe de más de cuarenta centímetros diarios y un aumento del nivel del Mediterráneo de más de diez metros diarios; en esta fase, que duró menos de dos años, se transfirió el 90% del total del agua del Mediterráneo a través de un gigantesco rápido entre el golfo de Cádiz y el mar de Alborán, un canal de quinientos metros de profundidad y ocho kilómetros de anchura por donde el agua circulaba a cientos de kilómetros por hora. El llenado del Mediterráneo hizo bajar el nivel del mar global unos quince metros.
Como el continente africano se mueve hacia Europa (el choque entre las dos placas es lo que provocó la elevación de los Alpes y de los Pirineos), es probable que en un futuro lejano el Mediterráneo vuelva a secarse. Pero aún falta mucho para eso.
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